结构域不是三级结构，结构域是位于超二级结构和三级结构间的一个层次，结构域是在蛋白质的三级结构内的独立折叠单元，通常都是几个超二级结构单元的组合。

结构域与分子整体以共价键相连，一般难以分离，这是它与蛋白质亚基结构的区别。一般每个结构域由100-200个氨基酸残基组成，各有独特的空间构象，并承担不同的生物学功能。