克州辖阿图什市、阿克陶县、乌恰县、阿合奇县3县，下辖3个街道、39个乡镇（场）。隶属于新疆维吾尔自治区，位于新疆维吾尔自治区西南部，地跨天山山脉西南部、帕米尔高原东部、昆仑山北坡和塔里木盆地西北缘，自治州北部和西部分别与吉尔吉斯斯坦和塔吉克斯坦两国接壤，边境线长达1195千米。东部与阿克苏地区相连，南部与喀什地区毗邻，全州东西长约500千米，南北宽约140千米，面积7.25万平方千米。克孜勒苏柯尔克孜自治地处塔里木河流域上游，地跨天山山区、帕米尔高原、昆仑山山区及塔里木盆地边缘，山地占全州总面积的90%以上，谷地、盆地遍布山间，属典型的温带大陆性气候，光照充足，干旱少雨，是有名的瓜果之乡。