1、投保对象不同：新农合投保对象是农村人口，医保则是针对城市居民(居民医保)以及企业职工(职工医保)。

2、缴费标准不同：目前，通常情况下新农合的缴费标准是180元/年，居民医保是240元/年，职工医保与个人工资和当地平均工资有关。

3、报销比例不同：相比于新农合，医保报销比例要高。不过目前多地开始实行城镇居民医保和新农合统一的政策，因此新农合的报销比例渐渐增高。

4、报销范围不同：相比于新农合，医保报销范围要广，如新农合受限于一些大医院的门诊，不给报销。不过现在逐渐实施新农合与医保统一的政策，因此新农合的报销范围也在放宽。