元朝地方行政制度的创新是行省制度，在中央门设置了管理西藏的机构宣政院，设澎湖巡检司负责管理澎湖和琉球，有利于加强对边疆地区的管理有利于加强中央集权。

行省辖区不仅地域辽阔，且省界犬牙交错，使其无山川险阻可依，北向门户洞开，形成以北制南的军事控制局面。因这一措施有助于防止地方割据，故为明、清所继承。元行省所辖路府州县无固定统属关系，随意性很大。