1、创办性质不同：二本院校是公立学校，一般是市级教育局或者省级教育局的直属院校。三本院校一般是私立学校，有独立学院和民办高校两种。

2、分数线不同：二本院校的分数线高一点。三本院校的分数线低一点，但是有的院校的分数线高于大多数二本院校。

3、经济支出来源不同：二本院校一般是由当地政府或者直属部门来扶持，但是学校收取的学费要上交。三本院校的经济来源是学生学费或者是企业直接投资，但是需要缴纳税务。另外：二本、三本的毕业证都是一样的，都是国家监制，国家认可的。