三原界学说是魏泰克和马古来斯提出的。1978年，魏泰克和马古来斯根据分子生物学研究的最新资料，提出一个新的三原界学说。他们认为生物进化的早期，各类生物都是由一类共同的祖先沿着三条进化路线发展，形成了三个原界，分别是古细菌原界，包括产甲烷菌、极端嗜盐菌、嗜热嗜酸菌；真细菌原界，包括蓝细菌和各种原核生物（除古细菌外）；真核生物原界，包括原生生物、真菌、动物、植物。三原界系统还吸收了真核起源的内共生学说的思想。