1、瓜蒂苦：瓜类的食物都有一个特性，那就是瓜蒂部位含有较多的苦味素，黄瓜、苦瓜都是这样，香瓜也不例外，香瓜的瓜蒂部位含有较多的苦味素，这时植物进化过程中减少虫害，保护果实的一种手段，属于正常现象。

2、催熟致苦：很多香瓜都不是自然成熟，而是用化学物质催熟的，香瓜和香蕉，猕猴桃不同，没成熟的香瓜外皮上也含有大量的苦味素，经过催熟时这些苦味素不能完全转化，就会沉积在果肉中，食用时就是苦味。

3、农药残留：在香瓜的成熟时期也会喷洒一些农药，农药残留过多也会使果肉呈苦味，这种苦味一般都不均匀，散开的一些小点处有苦味。