市场监督管理局有权扣押合同。《市场监督管理行政处罚程序规定》第三十六条，市场监督管理部门可以依据法律、法规的规定采取查封、扣押等行政强制措施。采取或者解除行政强制措施，应当经市场监督管理部门负责人批准。