厂房第二次评估合法（评估不受次数限制）。问题是，条件不变的情况下，同一机构，多次评估结果相同，没有实际意义。

为防止因评估价格过高或过低影响拍卖保留价的确定，给当事人的利益造成损害，最高人民法院《关于人民法院民事执行中拍卖、变卖财产的规定》第6条规定：当事人或者其他利害关系人对评估报告有异议的，可以在收到评估报告后十日内以书面形式向人民法院提出。当事人或者其他利害关系人有证据证明评估机构、评估人员不具备相应的评估资质或者评估程序严重违法而申请重新评估的，人民法院应当准许。