1、概念不同：阴瑜伽是在瑜伽修习的基础和经验上结合在医学方面的优势，糅合中国道教和武术的精粹。不是瑜伽姿势的另一个分支或是另一种叫法，只是做为一个较新颖的流派为大家所认识并接受。流瑜伽是瑜伽分类的一种，是瑜伽的一种侧重伸展性，力量性，柔韧性，耐力，平衡性，专注力。
2、练习形式不同：阴瑜伽更多的是以慢，舒缓，轻柔舒展筋络为主，强调整个身体的深层肌肉拉伸，清空大脑的一切杂念。流瑜伽在练习的过程中以行如流水般流畅的动作进行，力量节奏略快。
3、呼吸不同：阴瑜伽是一种安静的瑜伽锻炼方式，练习时也需要配合缓慢呼吸。流瑜伽强调运动和呼吸的和谐性，灵魂是喉呼吸。每个核心体式的保持时间可为3-5个完整的呼吸，而串联体式的保持呼吸不会超过1个完整的呼吸，多为一吸或一呼之后就会变换。
