灌区两费指的是灌溉区域管理单位公益性人员基本支出经费、公益性工程维修养护经费。灌区是指有可靠水源和引、输、配水渠道系统和相应排水沟道的灌溉区域，是人类经济活动的产物，随社会经济的发展而发展。灌区是一个半人工的生态系统，它是依靠自然环境提供的光、热、土壤资源，加上人为选择的作物和安排的作物种植比例等人工调控手段而组成的一个具有很强的社会性质的开放式生态系统。灌区主要由灌区管理局来管理，少数地区由农民用水管理协会参与管理。