1、适用群体不同：协议存款一般适合公司办理，是由银行好其他机构法人或法人授权机构约定存款利率、存款期限、金额的一种存款业务;定期存款业务则是适用于所有的客户，不论是机构还是个人客户。

2、灵活性不同：协议存款在没有达到存款期限之前是不可以提前支取的，只能通过将协议进行融资抵押的方式来获得资金周转;而普通定期存款是可以提前支取的，只是会损失一定的利息收益。

3、协议存款是一种大额定期存款的方式，但是相对定期存款而言，协议存款是比较狭义的。