起始密码子是AUG，绝大多数生物的起始密码子都是AUG，作为多肽链合成的起始信号，同时编码一种氨基酸，原核生物的起始密码子AUG翻译对应的是甲酰甲硫氨酸。

信使RNA（mRNA）的开放阅读框架区中，每3个相邻的核苷酸为一组，代表一种氨基酸，这种存在于mRNA开放阅读框架区的三联体形式的核苷酸序列称为密码子（codon）。