等位基因位于同源染色体上，把两条同源染色体并列，位置相同的就叫等位基因，等位基因是指位于一对同源染色体相同位置上控制同一性状不同形态的基因。

同源染色体是在二倍体生物细胞中，形态、结构基本相同的染色体，并在减数第一次分裂的四分体时期中彼此联会，最后分开到不同的生殖细胞的一对染色体，在这一对染色体其中的一条来自母方，另一条来自父方。