等位基因的根本区别是脱氧核苷酸排列顺序不同，等位基因是指同源染色体上相同位置，控制相对性状的一对基因。基因是指是具有遗传效应的DNA片段，基因的基本组成单位是4种脱氧核苷酸，脱氧核苷酸排列顺序不同，则基因不同。