1、开具企业类型不同：用机打票是小规模纳税人开具的，增值税普通票是小规模纳税人和一般纳税人都可以开具的。通用机打票适合增值税的小规模纳税人使用，属于增值税普通发票的一种，但是发票的版式和增值税一般纳税人的增值税普通发票不同。

2、税率不一样：国税通用机打票是增值税率3%，增值税普通票的增值税根据开具企业适用行业不同税率也不同。

3、金额含义不同：国税通用机打票只有金额没有税额，增值税普通票既有金额也有税额。

4、开票系统不同：通用机打发票使用的是开票软件，严格来讲不属于税控系统，常用于小规模纳税人。增值税普通发票，与增值税专用发票共一个税控系统，常用于一般纳税人。