1、外观不同

锁阳一般寄生在蒺藜科白刺属植物白刺的根上，而肉苁蓉主要寄生在藜科植物梭梭的根上；肉苁蓉的颜色大部分都是暗黄色，而锁阳的颜色大部分都是暗紫色或者是红色。

2、功效不同

肉苁蓉和锁阳都具有温补肾阳、补益精血、润肠通便的作用，都能治疗男性肾阳虚衰、精血不足之阳痿、早泄、遗精。女性宫寒不孕、腰膝酸软、筋骨无力、津枯肠燥的便秘等。但是两者侧重点不同，肉苁蓉偏于补益精血、而锁阳重在温补肾阳。肉苁蓉较为滋补温和，不伤阴，润肠通便功效较强。锁阳的补益之力较为峻烈，润肠作用不及肉苁蓉。